Juan Duyos empieza a trabajar en 1992 junto con el diseñador Manuel Piña. Paralelamente realiza sus primeras colecciones para algunas tiendas y amigos, hasta que en 1995 creó con la diseñadora Cecilia Paniagua la empresa Duyos & Paniagua. Tras la experiencia con Manuel Piña, entre 1996 y 1999 colabora con Antonio Pernas, al tiempo que realiza varias colecciones de punto.
El estreno en Cibeles de Duyos & Paniagua llega en 1997, con la colección de verano para 1998 Naturama. En 1998 la Embajada Británica invita a Duyos & Paniagua a presentar esta colección en la London Fashion Week.
Su primera colección en solitario bajo el nombre de Duyos llega en septiembre de 1999. Su título es Recuerda y guarda. Presentada en la Pasarela Cibeles, recibe el premio L’Oréal a la mejor colección de esa edición. Su presencia en la pasarela madrileña es constante desde entonces.
Juan Duyos ha tomado parte en proyectos ajenos al mundo de la pasarela. En abril de 2000 presenta el vestuario para la obra Amargo del ballet flamenco de Rafael Amargo. Y su incursión en el mundo de los zapatos se hizo oficial en febrero de 2002, cuando presentó la primera colección de calzado bajo la firma Duyos.
Juan Duyos es desde septiembre de 2002 el director creativo de la firma Don Algodón, para la que ha creado la colección de la temporada otoño-invierno 2003/04.
